Plims: Aquisition & analyse de données de criblage
Plims est la première application issue des Core applications conçues par le groupe R&D Discngine. Plims est une application de nouvelle génération qui permet l’acquisition et l’analyse des données LTS/MTS/HTS. Cette application a été spécifiquement optimisée pour :
- Supporter la diversité et la complexité des processus métiers dans ce domaine.
- Améliorer le contrôle qualité des données.
- Améliorer la productivité et la reproductibilité des processus d’analyse.
Le flux de traitement des analyses est découpé en 5 étapes principales:
1) Read
Plims peut lire tous types de formats de fichiers ou de bases de données. L’application peut ainsi gérer des structures de données complexes comme celles produites par les expériences de cinétiques ou de type « High Content Screening »
2) Map
L’association des données brutes aux plaques réellement traitées est une étape critique pour garantir des analyses de qualité. Plims permet de réaliser des dispositions complexes pour les puits de contrôles, les échantillons et les doses permettant une description précises des données brutes. Par exemple, Plims peut très simplement gérer des expériences de production d’IC50 en triplicats avec des dilutions inter-plaques.
3) Compute
Les procédures de calculs sont utilisées pour transformer les données brutes en données calculés ou en information statistiques (%inhibition, Z-Score, Z-Factor, moyennes..etc). Le modèle d’implémentation logicielle de ces procédures permet des extensions illimitées des capacités de calculs.
4) Validate
L’étape de validation assiste les scientifiques dans la détection d’éventuels problèmes survenus pendant le déroulement des expériences. En utilisant des interfaces élaborées de visualisations, Plims peut permettre la détection rapide de problèmes.
5) Consolidate
Une fois les données validées, Plims offre diverses méthodes d’agrégation de données (moyennes, medianes, fitting) qui servent à générer et publier des données de niveau décisionnelle (ex : IC50)
Performance, persistance, modularité et visualisation sont les axes qui ont permis de définir une architecture logicielle basée sur 4 éléments principaux :
- Base de données Oracle 9i ou supérieur
- Oracle Application Express
- Internet explorer 6.0 (or Firefox)
- Spotfire DecisionSite browser (optionnel)
La base de données Oracle prend en charge la persistance des données et les calculs de l’application. Ainsi, tous les calculs (excepté le « curve fiting ») sont exécutés côté serveur afin de fournir un haut niveau de performance pour les expériences utilisant un grand nombre de plaques. Toute l’information de l’analyse est stockée dans la base afin d’éviter la perte ou la corruption de données.
Le moteur de l’application utilise Oracle PL/SQL et Oracle Application Express afin de fournir des interfaces intuitives et une haute flexibilité de l’application.
En ce qui concerne la visualisation, nous recommandons d’utiliser Spotfire DecisionSite browser intégré à Plims afin d’optimiser la vitesse et la précision des étapes de contrôle qualité. Lorsque Spotfire DecisionSite Browser est utilisé, il est complètement intégré à Plims grâce à l’API Client (Interface de programmation).
Enfin, l’aspect modularité de l’application est implémenté en utilisant un catalogue de composants logiciels qui sont associés ensemble pour produire des guides d’analyses. Les super-utilsateurs de l’application peuvent définir eux-mêmes ces guides et de nouveaux composants peuvent être créés et déployés par les consultants Discnigne pour répondre à de nouveaux besoins (nouveaux format de fichiers, nouvelles vues, intégration de logiciels tiers ou propriétaires du client…etc).
Pour être déployé, Plims requiert un serveur de base de données Oracle et un navigateur web. Il peut être installé facilement sur les infrastructures clientes ou utilisé à distance sur la plateforme « Software as Services » discngine.net
Plims peut significativement impacter la productivité et la qualité de la génération de données pour les opérations LTS/MTS/HTS. Grâce au concept de Flux d’analyse (Workflows), les utilisateurs sont guidés tout au long du processus de traitement.
Contactez nous si vous souhaitez évaluer Plims dans vos laboratoires.
